Dvě skupiny markerů v jediném NGS testu
Crohnova choroba a celiakie jsou odlišná chronická onemocnění gastrointestinálního traktu s částečně se překrývajícími projevy. Na rozvoji obou se podílejí genetické faktory i vlivy prostředí, genetická predispozice je však u každého z nich spojena s jinými markery.
fastGEN Crohn’s & Celiac Disease Kit umožňuje genotypizovat deset vybraných oblastí:
- Pět markerů asociovaných s celiakií: oblasti asociované s haplotypy HLA-DQ2.2, HLA-DQ2.5 a HLA-DQ8.
- Pět variant asociovaných s Crohnovou chorobou: vybrané varianty v genech IL23R a NOD2.
Analyzované markery představují pouze část genetického pozadí obou multifaktoriálních onemocnění. Výsledky poskytují informace o genetické predispozici; samy o sobě nejsou určeny k potvrzení diagnózy.
Amplifikace a indexování v jediné PCR
Výchozím materiálem je izolovaná DNA. Souprava byla validována pro DNA z periferní krve a bukálního stěru. V jednom sekvenačním běhu lze zpracovat až 16 vzorků včetně kontrol.
Technologie fastGEN využívá krátké amplikony a tagované hybridní primery, díky nimž probíhají amplifikace cílových sekvencí a indexování vzorků současně v jediné PCR. Master Mixy připravené k použití již obsahují potřebné reakční složky i indexy. Laboratoř k nim přidá izolovanou DNA a provede amplifikaci v termocykleru pro real-time PCR. Spojení obou kroků omezuje počet přenosů vzorků a manuálních pipetovacích kroků, a tím snižuje riziko pipetovacích chyb.
Po amplifikaci se jednotlivé knihovny spojí do jednoho poolu, který se purifikuje a kvantifikuje. Příprava knihoven trvá méně než tři hodiny, z toho aktivní práce zabere méně než 30 minut.
Od knihoven k vyhodnoceným výsledkům
Výsledné knihovny lze sekvenovat na všech platformách Illumina. Data ve formátu FASTQ následně zpracovává modul fastGEN v cloudovém bioinformatickém softwaru GENOVESA.
Automatizovaný postup zahrnuje kontrolu kvality dat, upozornění na nedostatečně pokryté oblasti, filtrování a vizualizaci variant i tvorbu výstupní zprávy. Laboratoř tak pro vyhodnocení tohoto panelu nemusí vytvářet vlastní bioinformatický postup.
Celý proces od izolované DNA po vyhodnocení výsledků lze v závislosti na použité sekvenační platformě a organizaci práce v laboratoři dokončit přibližně za 24 hodin.
V čem se fastGEN odlišuje?
Pro pracoviště, která zkoumají tento předem vymezený soubor markerů, představuje fastGEN připravenou alternativu k samostatným testům nebo vývoji vlastního cíleného NGS panelu.
Nově v portfoliu fastGEN
fastGEN Crohn’s & Celiac Disease Kit rozšiřuje nabídku BioVendor pro gastroenterologický a genetický výzkum. Podrobné specifikace a návod k použití jsou k dispozici na produktové stránce, kde můžete posoudit vhodnost soupravy pro své pracoviště.
Sledujte dvě stopy jedním testem
Zjistěte více o soupravě fastGEN Crohn’s & Celiac Disease Kit
Pouze pro výzkumné použití.
